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王永東:自動化工作流讓MassWorks更易用

關(guān)鍵詞:譜圖準(zhǔn)確度,、分子式,、質(zhì)譜、高分辨,、低分辨,、混合物、綠綿科技,、Massworks
時間:2019-07-02 09:27:26

2018年,,Cerno Bioscience(簡稱Cerno)公司發(fā)布了MassWorks Rx GC/ID自動化處理平臺,在2019的今年亞特蘭大舉辦的ASMS會議上,,分析測試百科網(wǎng)采訪了總裁王永東先生,。他為我們介紹了MassWorks Rx GC/ID的進(jìn)展,并介紹了MassWorks在各個領(lǐng)域開展的應(yīng)用,。

Cerno Bioscience總裁王永東(左)和分析測試百科網(wǎng)總經(jīng)理卞利萍(右)合影

Rx GC/ID強(qiáng)大的批處理加速M(fèi)assWorks的應(yīng)用

王永東表示,,MassWorks Rx GC/ID去年發(fā)布了測試版,經(jīng)過一年打磨,,產(chǎn)品更加成熟,。它使用Python平臺來調(diào)用MassWorks中的各種功能,可進(jìn)行譜圖校正,、提高譜圖的準(zhǔn)確度,、度。MassWorks Rx GC/ID是一個成熟的大批量數(shù)據(jù)處理的軟件,,它可以一次處理很多個樣品,,自動地鑒定樣品中的幾百個未知物,并自動編輯報告給出結(jié)果,。其基本原理是聯(lián)合通過保留時間和質(zhì)譜譜圖兩方面的校正,,自動鑒定化合物,并解析出共流出物,;還可以用質(zhì)量分析母離子或子離子碎片,。以前在非批處理模式下,每個樣品整個數(shù)據(jù)處理耗時需60-70分鐘,,使用了MassWorks Rx GC/ID,,整個分析到出報告只需要1-2分鐘。該功能獲得了許多用戶的好評并已經(jīng)售出,,可用于香精香料,、環(huán)保,、法醫(yī)鑒定等多個領(lǐng)域。

MassWorks Rx平臺結(jié)構(gòu)示意圖

第三方質(zhì)譜軟件蓬勃發(fā)展

Cerno主要提供MassWorks軟件,,這屬于一種第三方的質(zhì)譜儀軟件,。王永東說:在ASMS展會中,你會注意到近年來質(zhì)譜軟件公司的數(shù)量在增加,,這說明:一方面,,應(yīng)用在逐步擴(kuò)展;另一方面,,是數(shù)據(jù)量大幅增加。這些軟件的設(shè)計也有兩種趨勢,,一方面是越來越專業(yè)化,,比如說專門做蛋白/多肽的,專門做代謝組學(xué)的,,專門做代謝物鑒定的,,專門做雜質(zhì)鑒定的。另一種趨勢是由于處理樣品量和數(shù)據(jù)量增加,,軟件設(shè)計更關(guān)注使整個工作流程更容易,,所以增加了很多自動化的功能。在此趨勢下Cerno的策略是:利用的核心技術(shù),,在擴(kuò)大應(yīng)用范圍的基礎(chǔ)上,,開發(fā)更容易使用的自動化工作流程。由于Cerno具有的核心技術(shù),,和只做工作流開發(fā)的軟件還不太一樣,。

第三方軟件和大公司自家軟件有何不同?王永東回答說:安捷倫,、賽默飛,、SCIEX這些大廠家做的軟件非常龐大,一個公司還可能有好幾個不同的軟件系統(tǒng),,比如安捷倫同時有MassHunter,、Chemstation、OpenLab CDS等,。為什么會有不同的軟件系統(tǒng),?因為它適合不同客戶的需要,有的是供管理部門監(jiān)管使用的,,有的是為提高生產(chǎn)效率的,,還有一些是供研究者使用的,比如以前的Chemstation還讓用戶可以自己寫宏來進(jìn)行自動化,。但公司越大,,就越不能夠照顧到每一個專業(yè)的,、很特殊的應(yīng)用,這就給第三方的軟件公司和軟件提供了一些機(jī)會,。另外,,雖然一些大學(xué)教授、研究生自己可以寫一些程序來解決自己的問題,,但工業(yè)界很少有人會自己花時間編程序,,因為電腦系統(tǒng)變得更復(fù)雜,同時大家也不想增加那么多的工作量,,這也給第三方軟件公司創(chuàng)造了一些機(jī)會,。

MassWorks的吸引力

王永東再次回顧了MassWorks的特色,以及為什么會吸引用戶,。他說:MassWorks現(xiàn)在有數(shù)千家用戶,,首先主要來源于研究型的用戶。什么是研究型的用戶,?比如,,他忽然發(fā)現(xiàn)一個有趣的質(zhì)譜峰和色譜峰,但不知道是什么化合物,,而且他有時間有精力,,去做更進(jìn)一步的深入研究;而不是向上級打個報告說,,今天發(fā)現(xiàn)了一個新峰,,不知道是什么物質(zhì),然后就提交了報告,。那為什么會有時間和精力,,因為他覺得這個峰比較重要,或者是一個天然產(chǎn)物,,或者發(fā)現(xiàn)了新化合物或新的藥物雜質(zhì),,或者是食品安全中的未知添加物等。所以,,研究型的用戶群關(guān)注于那些分析價值比較高的產(chǎn)品,,或者是風(fēng)險比較高的產(chǎn)品。然后研究人員愿意花時間和精力去做更進(jìn)一步的深入的研究,,比如對新合成的一種不合法的毒品,,法醫(yī)有興趣知道這到底是什么物質(zhì),從哪兒來的,,希望建立一套新的檢測辦法,。

其次,MassWorks對于大學(xué)的有機(jī)合成用戶也很有吸引力,。新合成一個化合物,,研究者需要獲得質(zhì)量的結(jié)果才能夠發(fā)表論文,,以前一定要使用高分辨率質(zhì)譜,現(xiàn)在經(jīng)過我們多年的呼吁和宣傳已經(jīng)接受了,,在低分辨質(zhì)譜儀上面做出來的質(zhì)量也可以被期刊接收并發(fā)表,。比如,渥太華大學(xué),、斯坦福大學(xué),、西班牙和瑞士的大學(xué)的教授都用MassWorks提供的質(zhì)量結(jié)果發(fā)表了論文。

另外,,由于MassWorks是一個互動的軟件,,現(xiàn)在有很多客戶用它來做教學(xué)。在沒有高分辨質(zhì)譜,,或者不愿意把高分辨質(zhì)譜弄壞的情況下,,可以用低分辨的質(zhì)譜配上MassWorks,面向大學(xué)三,、四年級化學(xué)系的學(xué)生教學(xué),告訴他們同位素Isotope是怎么回事,?同位素的分布是怎么回事,?未知物的鑒定是怎么回事?質(zhì)量是怎么回事,?怎么樣來辨認(rèn)13C和34S,,Cl和Br的同位素等。通過MassWorks這樣一個相對便宜又皮實的軟件,,就可以讓學(xué)生“漲知識”,。這樣,大學(xué)化學(xué)系的畢業(yè)生至少在質(zhì)譜圖上能夠辨認(rèn)同位素,。

MassWorks幫助客戶應(yīng)對挑戰(zhàn)解決難題

MassWorks主要的賣點(diǎn)是:一方面是能夠在低分辨質(zhì)譜儀上面來進(jìn)行元素組成的測定,,這是MassWorks業(yè)界的獨(dú)有特征,能解決很多問題,。一般來說,,QA/QC實驗室沒有能力也不想去買高分辨的質(zhì)譜。比如一個化工廠的QA/QC實驗室會覺得MassWorks非常有用,,能在他現(xiàn)有的低分辨質(zhì)譜上,,進(jìn)一步解決很多通常要送檢的樣品分析問題,他們對這點(diǎn)非常滿意,。

另一方面,,一些儀器廠家對MassWorks也很感興趣,可以幫助其檢查儀器工作到底正常不正常,,MassWorks是一個很好的診斷工具,。在儀器開發(fā)時,,MassWorks可以給他們提供有效的反饋,可以了解到數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)有什么問題,,問題出在哪里,,什么時候出現(xiàn)這些問題,這對他們診斷儀器性能很有幫助,。所以一些儀器廠家也采購MassWorks,。

第三方面,MassWorks過去一直處理小分子產(chǎn)生的數(shù)據(jù),,現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)用這套校正和處理技術(shù),,對于大分子分析也很有幫助。由于譜圖變得非常準(zhǔn)確,,就能發(fā)現(xiàn)以前無法發(fā)現(xiàn)的雜質(zhì),。比如2%-3%的雜質(zhì)混到API原料藥中,對于蛋白,、多肽,、糖蛋白等大分子藥物,其分子量常常為2000,、3000,、7000、8000,,甚至超過1萬,。如果雜質(zhì)和API只相差一個道爾頓,轉(zhuǎn)化率只有2%-3%,,通常的質(zhì)譜無法發(fā)現(xiàn)這些雜質(zhì),。而當(dāng)通過MassWorks提高質(zhì)譜儀的準(zhǔn)確率,就能發(fā)現(xiàn)這些2%-3%的雜質(zhì),。不僅如此,,MassWorks還可以提供反饋,告知該API藥純不純,;雜質(zhì)可能是什么化合物,,并進(jìn)行相對定量。

Massworks對于LC色譜分離方法研究也能提供反饋,。有些大分子有時候色譜無法分開,,比如脫酰胺肽,色譜花一兩個小時也分不開,,利用MassWorks就可以測算出來指定的色譜峰到底純不純(分離是否徹底),,有沒有雜質(zhì),和所含雜質(zhì)的相對量。而這些脫酰胺肽有可能是有毒的大分子,,所以這是非常重要的高價值研究,。

單克隆抗體酶解物的質(zhì)譜圖,用MassWorks進(jìn)行譜圖校正后,,可將重疊的峰解卷積為原生多肽和脫酰胺肽,,并進(jìn)行準(zhǔn)確定量,使用儀器Q-Exactive Orbitrap(施貴寶報告:Accurate Quantitation of Deamidated Peptides to Accelerate Formulation Process Development in Therapeutic Proteins 準(zhǔn)確定量脫酰肽,加速治療蛋白的配方過程開發(fā))

各個用戶的特點(diǎn)

談到各個用戶的特點(diǎn),,王永東說:拋除不同在生意模式,、社會、文化等方面的差異以外,,各技術(shù)市場方向是一致的,,但在技術(shù)真正運(yùn)用時有所區(qū)別。區(qū)別主要原因在于質(zhì)譜用戶的資金來源不同,。比如日本質(zhì)譜用戶大部分來自工業(yè)界,,少部分來自政府部門。工業(yè)用戶購買儀器之后會經(jīng)常使用,,軟件的使用頻率也比較高,。一旦經(jīng)常使用來解決實際問題,MassWorks就會展現(xiàn)出它的價值,,作為產(chǎn)品的開發(fā)者我們感到非常高興,。

另一方面,從市場角度來說口碑很重要,。老師外出開會時會向別的客戶介紹說這個產(chǎn)品好用,,能夠解決問題,,可以發(fā)現(xiàn)新的雜質(zhì)等等,,我們很感謝客戶給予的肯定。

在中國市場MassWorks主要通過綠綿科技銷售,。中國市場資金來源以及綠綿的特點(diǎn),,都使MassWorks吸引了更多的政府實驗室、高校的用戶,。MassWorks可以幫助用戶解決新的問題,,開拓新的方法,發(fā)表更權(quán)威的文章,。比如我們可以看到有些中國客戶應(yīng)用MassWorks發(fā)表的文章,,無論是發(fā)表在國際刊物還是中國刊物上,都對我們很有幫助,。

北美市場又有不同,。有一部分客戶或者公司買了MassWorks,純粹是為了“好玩”,。他們覺得新技術(shù)就像玩具一樣,,就像汽車一樣,,開開都覺得過癮。所以,,北美有些MassWorks的客戶是對技術(shù)非常感興趣的人,。而對我們有幫助的用戶,還是那種用MassWorks解決實際問題的,,他會和我們經(jīng)常聯(lián)系,,一有問題就會問我們。我們喜歡這類用戶,,不僅發(fā)揮了軟件的作用來解決他們的問題,;還能幫我們?nèi)鞑ブR;而且會提供反饋,,告訴我們?nèi)绾芜M(jìn)一步改善軟件,。

我們現(xiàn)在還同安捷倫合作。安捷倫能幫助把MassWorks推廣到他們的LC-MSD和GC-MSD的用戶群中,。這個群體正在增大,,我們就更關(guān)注于:讓用戶天天用MassWorks來解決日常的問題,讓MassWorks變成用戶技術(shù)生活的一部分,。一方面,,我們主動詢問用戶還需要什么幫助,比如在中國,,綠綿科技負(fù)責(zé)MassWorks的安裝和支持,,這對于用戶上手使用很有幫助。另一方面,,我們希望能夠讓MassWorks更容易使用,,自動化程度更高,用戶不需要經(jīng)過太多的訓(xùn)練就能上手,,所以我們推出了MassWorks GC/ID,。所以一方面是培訓(xùn),一方面是支持,,還有一方面是讓MassWorks更加自動化,、更易用。

MassWorks未來還將帶來哪些驚喜,?

王永東表示:MassWorks由于其的質(zhì)量和譜圖校正技術(shù),,在小分子領(lǐng)域已開辟了一番天地;未來在大分子領(lǐng)域有更大的應(yīng)用和更大的前景,。大分子在科研上,、大分子藥物現(xiàn)在都是熱點(diǎn)。未來3年,Cerno公司將在大分子領(lǐng)域推出新的產(chǎn)品,,解決一些質(zhì)譜界很久沒有解決的問題,,比如如何更準(zhǔn)確地分析多電荷的質(zhì)譜圖,并且提供皮實穩(wěn)定,、易用的方案,。

大分子研究領(lǐng)域非常熱門,但很少人會問以下問題:誤差從哪里來,?是系統(tǒng)誤差還是隨機(jī)誤差,?誤差是否重現(xiàn)?怎樣理解誤差,?誤差對實驗結(jié)果有什么影響,?怎樣消除誤差?特別是對于生命科學(xué)領(lǐng)域的研究者來說,,他們很多不太了解測量過程,,還有很多需要解決的問題。MassWorks的技術(shù)對于徹底理解質(zhì)譜信號的來源,,進(jìn)一步改善大分子的分析準(zhǔn)確度,,將大有作為。所以未來3年,,Cerno將在大分子領(lǐng)域推出新的產(chǎn)品,,提高分析的準(zhǔn)確度,幫大家解決一些難題,,同時實現(xiàn)流程的自動化,。


MassWorks
是一個采用思路生科公司(Cerno Bioscience) MSIntegrity™ 技術(shù)的數(shù)據(jù)處理軟件包。它打破了只有在高分辨率質(zhì)譜才能獲得質(zhì)量測定的神話,,廣大的質(zhì)譜用戶可以在常規(guī)的,、單位質(zhì)量分辨率的質(zhì)譜儀上,對化合物進(jìn)行高準(zhǔn)確度的質(zhì)量測定,。

關(guān)于綠綿科技
北京綠綿科技有限公司(簡稱:綠綿科技)以體現(xiàn)客戶服務(wù)高價值為宗旨,,以專業(yè)精神和技能為廣大實驗室分析工作者提供樣品前處理,、樣品制備及分析,、實驗數(shù)據(jù)分析和管理的全面解決方案,致力于協(xié)助客戶提高分析檢測的效率和水平,。

 

關(guān)于綠綿科技
北京綠綿科技有限公司(簡稱:綠綿科技)以體現(xiàn)客戶服務(wù)價值為宗旨,,以專業(yè)精神和技能為廣大實驗室分析工作者提供樣品前處理、樣品制備及分析,、實驗數(shù)據(jù)精確分析和管理的全面解決方案,,致力于協(xié)助客戶提高分析檢測的效率和水平。主要代理產(chǎn)品聯(lián)系電話:010-82676061/2/3/4/5/6/7/8 E-mail:[email protected]